函館要塞→津軽要塞

明治33年ロシアを仮想敵国として設置．大正8年函館要塞を吸収した津軽要塞を新設．津軽海峡の両岸に砲台を築いた．昭和18年2月北部軍に編入，19年3月第5方面軍隷下．大きな戦闘には参加せず終戦．要塞施設は爆破解体．

下関要塞

明治28年4月，関門海峡と周防灘の沿岸防備のため設置．のちに朝鮮海峡および小倉市街地の防空を任務とし，関門海峡周辺と玄界灘の島々に砲台を築いた．終戦で廃止．

高雄要塞

昭和12年8月司令部設置．16年9月臨時編成，11月本戦備下令．高雄港の防備に就いた．高雄港が空襲により潰滅したため20年2月に独立混成第100旅団に改編された．

壱岐要塞

大正15年8月司令部設置．対馬海峡および壱岐水道周辺に砲台を築き防衛に従事．昭和20年2月第16方面軍の，4月第56軍の戦闘序列に編入．終戦で廃止．

由良要塞

明治29年7月司令部設置．由良，友ヶ島，加太・深山地区に砲台を設置し紀淡海峡の防備に従事．36年4月鳴門要塞司令部を合併し鳴門海峡も担当した．昭和20年終戦で廃止．

鎮海湾要塞→釜山要塞

明治37年12月猪島・外洋浦砲台が竣工．38年4月司令部設置．以後釜山・鎮海・巨済島に砲台を整備し朝鮮半島南部の港湾防備に従事．大正7年朝鮮軍に編入．昭和17年6月改称．20年2月第17方面軍．終戦で廃止．

東京湾要塞

明治28年司令部設置．湾内の海堡に加え，横須賀軍港，走水，観音崎，久里浜，三崎，房総地区に多数の砲台を整備した．昭和20年終戦で廃止．

宗谷要塞

昭和16年8月司令部設置．9月稚内の宗谷砲台と樺太南端の西能登呂砲台が完成．宗谷海峡の防備に従事．19年3月第5方面軍に編入．終戦で廃止．

対馬要塞

明治20年以降順次整備された砲台を管轄する対馬警備隊司令部を大正9年要塞司令部に改編．戦艦「土佐」主砲塔を設置した豊砲台などが所属．終戦で廃止．

永興湾要塞

明治38年5月司令部設置．日露戦争中に建設された要塞を管轄．対岸の元山市の防備についた．昭和20年2月永興湾要塞重砲兵連隊が改編転出．残置の部隊は直轄の要塞砲兵隊となった．対ソ作戦の後，終戦で廃止．

麗水要塞

昭和15年10月司令部設置．朝鮮軍に編入．朝鮮全羅南道の麗水に設置された臨時要塞．20年2月第17方面軍に編入．終戦で廃止．