横須賀潜水艦基地隊

昭和16年4月新編．横須賀鎮守府所属．終戦で解隊．

呉潜水艦基地隊

昭和16年4月新編．呉鎮守府所属．終戦で解隊．

佐世保潜水艦基地隊

昭和18年10月新編．佐世保鎮守府所属．終戦で解隊．

舞鶴潜水艦基地隊

昭和18年10月新編．舞鶴鎮守府所属．終戦で解隊．

大湊潜水艦基地隊

昭和18年9月新編．大湊警備府所属．終戦で解隊．

第6潜水艦基地隊

昭和17年2月新編．クエゼリン．第6根拠地隊所属．19年2月主力はクエゼリンで玉砕．3月解隊．第6根拠地隊に編入．

第8潜水艦基地隊

昭和17年2月新編．ラバウル．第8根拠地隊所属．終戦で解隊．

第11潜水艦基地隊

昭和16年12月新編．ペナン．連合艦隊付属．17年2月第9特別根拠地隊，18年8月第10特別根拠地隊，19年6月第15根拠地隊．終戦で解隊．

第21潜水艦基地隊

昭和17年3月新編．スラバヤ．第21根拠地隊所属．終戦で解隊．

第30潜水艦基地隊

昭和19年4月新編．パラオ．第30根拠地隊．同月25日第6艦隊付属となる．9月解隊．

第31潜水艦基地隊

昭和19年7月新編．セブ．第3南遣艦隊所属．終戦で解隊．

第85潜水艦基地隊

昭和17年5月新編．トラック．第4艦隊付属．7月第7根拠地隊．11月第4根拠地隊．19年4月第6艦隊付属．7月第4艦隊付属．20年5月解隊．

第1魚雷艇隊

昭和18年9月新編．19年3月廃止．

第2魚雷艇隊

昭和19年3月新編．終戦で廃止．

第3魚雷艇隊

昭和19年3月新編．終戦で廃止．

第11魚雷艇隊

昭和18年9月新編．19年12月廃止．

第12魚雷艇隊

昭和19年3月新編．終戦で廃止．

第21魚雷艇隊

昭和18年9月新編．19年11月廃止．

第22魚雷艇隊

昭和18年3月新編．12月廃止．

第23魚雷艇隊

昭和19年3月新編．7月廃止．

第25魚雷艇隊

昭和19年7月新編．終戦で廃止．

第26魚雷艇隊

昭和19年12月新編．20年5月廃止．

第27魚雷艇隊

昭和19年8月新編．20年7月廃止．

第31魚雷艇隊

昭和19年8月新編．終戦で廃止．