横須賀鎮守府

明治17年12月，横浜の東海鎮守府が移転改称．日本海軍の最大拠点として艦船造修・補給・人事・教育・警備などを行った．終戦直前には特攻戦隊を始め多くの実施部隊を隷下に入れた．昭和20年11月終戦で廃止．

呉鎮守府

明治23年4月開庁．海軍最大の拠点のひとつとして艦船造修，補給，人事，教育，警備などを行った．終戦直前には特攻戦隊を始め多くの実施部隊を隷下に入れた．昭和20年11月終戦で廃止．

佐世保鎮守府

明治22年7月開庁．西日本の防衛と大陸への進出拠点として艦船造修，補給，人事，教育，警備などを行った．終戦直前には特攻戦隊を始め多くの実施部隊を隷下に入れた．昭和20年11月終戦で廃止．

舞鶴鎮守府/要港部

明治34年10月開庁．日本海側の最大拠点として艦船造修，補給，人事，教育，警備などを行った．大正12年軍縮により要港部に格下げ．昭和14年鎮守府に昇格．昭和20年11月終戦で廃止．

馬公警備府/高雄要港部/警備府

昭和18年4月，馬公警備府が高雄に移転して設立．20年4月，司令部は台北に移動．終戦時には第29航空戦隊や高雄方面根拠地隊，第6燃料廠などを指揮下に入れていた．終戦で廃止．

大湊要港部/警備府

明治38年12月，大湊水雷団が要港部に昇格．昭和16年11月警備府に昇格．北方警備の拠点として艦船造修，補給，人事，教育，警備などを行った．昭和20年11月終戦で廃止．

旅順鎮守府/警備府/要港部

昭和17年1月旅順方面根拠地隊に改編．

鎮海要港部/警備府

明治37年1月巨済島に設置された仮根拠地防備隊をルーツとし，40年防備隊に改称．大正5年4月要港部に昇格．昭和16年11月警備府に昇格．17年1月特別根拠地隊を設置．終戦で廃止．

阪神海軍部/大阪警備府

昭和15年3月大阪市に設置．16年11月警備府に改編．警備区の防御・警備などを担当．20年11月廃止．以後大阪地方復員局として終戦業務に当たった．

海南警備府

昭和16年4月南方進攻の基地として重視され海南根拠地隊を警備府に昇格．三亜に司令部を置き海南島の維持警備・軍政を行った．終戦で廃止．