大湊要港部病院/大湊海軍病院

大正12年4月大湊要港部病室を改称．昭和16年7月鎮守府への昇格に伴い海軍病院に改称．終戦で廃止．詳細は不明だが，現在の自衛隊大湊病院/大湊衛生隊と関係があると考えられる．

横須賀海軍病院

明治13年2月初の海軍病院として設置．横須賀鎮守府．海軍将兵の治療の他，医療品の調達や艦艇の消毒に従事．終戦で廃止．現在の横須賀米海軍病院．

野比海軍病院

昭和16年6月横須賀海軍病院野比分院として設置．17年独立．20年12月厚生省に移管，国立久里浜病院となった．現在の久里浜医療センター．

湊海軍病院

大正12年4月，結核患者の長期療養病院として伊豆に設置．昭和20年12月厚生省に移管，国立湊病院となった．現在の下田メディカルセンター．

霞ヶ浦海軍病院

昭和16年10月設置．20年12月厚生省に移管，国立霞ヶ浦病院となった．現在の霞ヶ浦医療センター．

舞鶴海軍病院

明治34年10月舞鶴鎮守府開庁とともに設置．20年12月厚生省に移管，国立舞鶴病院となった．現在の舞鶴医療センター．

山中海軍病院

昭和16年石川県山中町に設置．20年12月厚生省に移管，国立山中病院となる．統廃合が進み，現在は加賀市医療センターの一部である．

呉海軍病院

明治22年4月呉鎮守府開庁とともに設置．終戦で廃止．英豪軍が接収．31年9月接収が解除され，厚生省へ移管．国立呉病院となる．現在の呉医療センター．

亀川海軍病院/別府海軍病院

大正13年4月，結核患者の長期療養病院として大分県亀川町に設置．昭和10年4月亀川町が別府市に編入されたため改称．20年12月厚生省に移管，国立亀川病院となった．現在の別府医療センター．

佐世保海軍病院

明治22年4月佐世保鎮守府開庁とともに設置．終戦で廃止．

嬉野海軍病院

昭和12年4月佐賀県嬉野に設置．20年12月厚生省に移管，国立嬉野病院となった．現在の嬉野医療センター．

岩国海軍病院

昭和16年10月山口県岩国に設置．20年12月厚生省に移管，国立岩国病院となる．現在の岩国医療センター．

大村海軍病院

昭和17年10月長崎県大村に設置．20年12月厚生省に移管，国立大村病院となる．現在の長崎医療センター．

戸塚海軍病院

昭和18年6月神奈川県戸塚に設置．20年12月厚生省に移管，国立戸塚病院となる．24年1月国立横浜病院に改称．現在の横浜医療センター．

賀茂海軍病院

昭和19年5月広島県賀茂に設置．20年12月厚生省に移管，国立賀茂病院となる．現在の賀茂精神医療センター．

隼人海軍病院/霧島海軍病院

昭和18年10月隼人海軍病院として鹿児島県隼人町に設置．12月霧島海軍病院に改称．20年12月厚生省に移管，国立霧島病院となる．現在の霧島市立医師会医療センター．

第2連合航空隊病院/第1海軍病院

昭和13年10月第2連合航空隊病院として上海に設置．15年11月第1海軍病院に改編．

第2海軍病院/海南海軍病院

昭和16年1月海南島三亜に設置．4月海南海軍病院に改編．海口に分院を設置．

第3海軍病院

昭和16年1月中支に設置．17年2月廃止．

第4海軍病院

昭和17年8月トラックに設置．19年3月サイパンとパラオに分院を設置．終戦で廃止．

第5海軍病院

昭和16年12月グアムに設置．

第8海軍病院

昭和17年8月ラバウルに設置．

第101海軍病院

昭和17年1月シンガポールに設置．18年10月ペナンに分院を設置．

第102海軍病院

昭和17年1月スラバヤに設置．18年3月マカッサル分院，7月ジャカルタ分院，20年4月アンボン分院を設置．

第103海軍病院

昭和16年12月マニラに設置．19年7月パラオ分院，19年9月ダバオ分院を設置．そのほかキャビテ，バギオに分院を設置した．地上戦で壊滅．

第104海軍病院

昭和19年4月アンボンに設置．