第1根拠地隊（初代）

昭和12年12月，第3艦隊直属の根拠地隊として編成．上海を担当．14年11月上海方面根拠地隊に改称．

第1根拠地隊（二代）

昭和15年11月編成．第2艦隊直属．16年4月第3艦隊に転属．17年3月第21特別根拠地隊に改編された．

第1根拠地隊（三代）

昭和17年10月編成．第8艦隊に編入．ブーゲンビル島ブインに司令部を置き中部ソロモンの戦闘に従事．終戦で廃止．

第2根拠地隊（初代）

coming soon

第2根拠地隊（二代）

昭和16年1月編成．12月以降比島・ジャワ攻略戦に参加．占領後はバリクパパンの守備に就いた．17年3月第22特別根拠地隊に改編された．

第2特別根拠地隊

昭和17年12月新編．第8艦隊隷下．東部ニューギニアを担当．18年11月新編の第9艦隊に転属，19年3月解隊．第7根拠地隊と合併し第27特別根拠地隊となった．

第3根拠地隊（初代）

昭和13年11月，攻略した厦門警備のため第5艦隊の下に設置．14年11月厦門方面特別根拠地隊に改編された．

第3根拠地隊（二代）→第3特別根拠地隊（初代）

昭和15年11月編成．17年4月特別根拠地隊に改編．パラオ諸島の警備についた．17年6月解隊．

第3特別根拠地隊（二代）

昭和18年2月，横須賀鎮守府第6特別陸戦隊をタラワにて改編．司令部をタラワに置きギルバート諸島の防備を担当．11月に米軍が上陸，地上戦闘の後に玉砕．19年1月解隊．

第4根拠地隊（初代）

昭和14年1月海南島で編成．第5艦隊隷下．11月海南根拠地隊に改編．

第4根拠地隊（二代）

昭和16年8月編成．第5根拠地隊からトラック・ポナペ方面の防備を引き継ぎ，司令部をトラックに置いた．17年6月，パラオの第43警備隊を編入し西カロリン諸島も担任．戦線の後方に取り残された状態で終戦を迎えた．

第5根拠地隊（初代）→第5特別根拠地隊→第5根拠地隊（二代）

昭和15年11月編成．第4艦隊隷下，サイパン．17年4月特別根拠地隊に改編，19年3月再び根拠地隊に改編．7月サイパン島の戦いで玉砕した．

第6根拠地隊

昭和16年1月編成．第4艦隊の下でクェゼリンに司令部を置きマーシャル諸島の防衛を担った．19年2月，クェゼリンの司令部をはじめ大部分が玉砕．上陸の無かった島の部隊は孤立状態で終戦を迎えた．

第7根拠地隊（初代）

昭和16年10月編成．司令部を小笠原父島に置き第5艦隊に編入．17年7月父島方面特別根拠地隊に改編．

第7根拠地隊（二代）

昭和17年7月編成．モレスビーに進出予定だったが，攻略作戦の失敗によりラバウルにとどまり，12月末にラエへ前進．東部ニューギニア方面の作戦に従事．サラワケット山系越えで多くの犠牲者を出した．18年11月第9艦隊に編入．19年3月，27特根の新編に伴い解隊．

第8特別根拠地隊→第8根拠地隊

昭和17年2月編成．ラバウル．4月根拠地隊に改編．8月第8艦隊に編入．19年12月廃止．

第9根拠地隊→第9特別根拠地隊

昭和16年10月編成．ペナンの防衛に従事していたが、17年2月以降特別根拠地隊としてスマトラ西部の防衛に従事．4月第1南遣艦隊隷下．18年9月サバンに移動．終戦で解隊．

第10特別根拠地隊

昭和17年1月編成．2月からシンガポール方面セレター地区を中心とした防衛任務についた．終戦で解隊．

第11特別根拠地隊→第11根拠地隊

昭和16年11月サイゴンで編成．仏印の防衛を担当．20年5月根拠地隊に改編．終戦で廃止．

第12特別根拠地隊

昭和17年2月編成．4月以降アンダマン諸島で警備にあたった，終戦で解隊．

第13根拠地隊

昭和18年10月編成．ラングーンに司令部を置き，ビルマ沿岸の防備や補給・海上護衛を担当．20年4月モールメンに撤退．8月バンコクに転進し終戦で廃止．

第14根拠地隊

昭和18年12月第8連合特別陸戦隊を基に編成．ニューアイルランド島の警備を担当．終戦で解隊．

第15根拠地隊

昭和19年6月，第9根拠地隊がペナンからサバンへ移動する際の残留部隊を再編．ペナン地区の警備・補給を担った．終戦で廃止．

第21特別根拠地隊

昭和17年3月第1根拠地隊(二代)を改編．スラバヤの防備を担当．同年4月第2南遣艦隊隷下．終戦で廃止．

第22特別根拠地隊

昭和17年3月第2根拠地隊(二代)を改編．20年1月バリクパパンの防備を担当．7月連合軍の上陸を迎えて地上戦闘に従事．終戦で解隊．

第23特別根拠地隊

昭和17年3月，セレベス佐世保連合特別陸戦隊司令部と佐世保第2特別陸戦隊を改編．セレベスと小スンダ列島を担当．9月マカッサルに移り小スンダ列島のみを担当．終戦で解隊．

第24特別根拠地隊→第24根拠地隊

昭和17年2月編成．アンボンに司令部を置き，主にスンダ列島の防衛を担当．3月新編の第2南遣艦隊に所属．18年11月新編の第4南遣艦隊に編入と同時に根拠地隊に改編．19年9月解隊．

第25特別根拠地隊→第25根拠地隊

昭和17年12月呉で新編．南西方面艦隊に編入され，マノクワリに進出．西部ニューギニア方面を担当．18年6月司令部をカイマナ移駐．19年7月アンボンへ転進．20年1月，根拠地隊に改編．アンボンで終戦を迎えた．

第26特別根拠地隊

昭和18年11月ハルマヘラ島カウで新編．西部ニューギニアの防衛を担当．20年5月解隊．

第27特別根拠地隊

昭和19年3月，第7根拠地隊と第2特別根拠地隊等をもって編成．ニューギニア・カイリル島に主力を置き，空襲と疫病に犠牲者を出しながら終戦を迎えた．

第28特別根拠地隊

昭和19年5月，マノクワリの第18警備隊，ビアクの第19警備隊，サルミの第91警備隊をもって編成．第4南遣艦隊に編入．ビアク島の司令部と第19警備隊は5月末以降連合軍の上陸を迎え撃ち玉砕．20年7月解隊．

第30特別根拠地隊→第30根拠地隊

昭和19年1月編成．3月改編，終戦で解隊．パラオ諸島の警備についた．

第31特別根拠地隊（初代）

昭和17年1月マニラで新編．18年2月解隊．

第31特別根拠地隊（二代）

昭和19年9月マニラで再編．マニラ海軍防衛隊の基幹部隊としてマニラ戦に従事．終戦で解隊．

第32特別根拠地隊

昭和17年4月新編．第2南遣艦隊．ダバオ中心にミンダナオ島の防衛に従事．19年9月ダバオ誤報事件を起こす．20年4月連合軍がミンダナオ島に上陸を開始，以後地上戦．山中に逃れ終戦．

第33特別根拠地隊

昭和19年8月編成，セブ島の防衛に従事．20年3月以降、上陸した連合軍と交戦．終戦で解隊．

第51根拠地隊

昭和17年9月，第5警備隊を基幹に編成．キスカ島の防備を担当．18年7月末キスカ島を撤退．8月解隊．

第52根拠地隊

昭和18年5月編成．大湊を拠点に北東方面の作戦に従事．19年1月解隊．

上海方面根拠地隊

昭和14年11月第1根拠地隊(初代)を改称．同時に支那方面艦隊附属となる．以後終戦まで砲艦や警備隊を指揮下に上海方面の作戦を担当し続けた．終戦で廃止．

沖縄方面根拠地隊

昭和19年4月編成．第32軍の指揮下で沖縄本島小禄地区での戦闘に従事．20年6月司令部は孤立し大田司令官が自決．7月に解隊された．

高雄方面根拠地隊

昭和20年5月編成．高雄警備府に編入．終戦で廃止．

千島方面特別根拠地隊→千島方面根拠地隊

昭和17年11月新編．大湊警備府部隊に編入．千島の防備を担当．18年8月，方面根拠地隊に改編．20年3月以降，本土防衛のため兵力の大部が大湊付近に転進開始．6月転進が完了し解隊．以後，千島方面には警備隊などわずかな兵力が残留するのみとなった．

父島方面特別根拠地隊

昭和17年7月第7根拠地隊(初代)を改編．9月横須賀鎮守府部隊に編入．終戦で廃止．

漢口方面特別根拠地隊

昭和14年11月編成．17年1月廃止．

広東方面特別根拠地隊

昭和14年11月編成．第2遣支艦隊．16年12月占領した香港に移動，香港方面特別根拠地隊に改称．

香港方面特別根拠地隊

昭和16年12月広東方面特別根拠地隊が移動し改称．香港港務部や広東警備隊などを麾下に警備を担当．終戦で廃止．

厦門方面特別根拠地隊

昭和14年11月第3根拠地隊に横須賀鎮守府第2特別陸戦隊，第1防備隊を加えて特別根拠地隊に改編．17年4月警備隊となるが11月再び特別根拠地隊．終戦で廃止．

青島方面特別根拠地隊

昭和14年11月青島占拠作戦時の部隊を持って編成．17年4月縮小された第3遣支艦隊が青島方面特別根拠地隊に統合された．終戦で廃止．

旅順方面特別根拠地隊

日露戦争で占領後に設置された旅順口鎮守府をルーツとし，昭和17年1月に編成．旅順港の警備や満州国海上警察隊と協力して対潜警備や軍需品の輸送にあたった．20年8月21日ソ連軍が侵入．多くが捕虜となりシベリアに抑留された．

羅津根拠地隊→羅津方面特別根拠地隊

昭和16年10月新編．17年5月特別根拠地隊となる．20年7月元山方面特別根拠地隊に改編．

元山方面特別根拠地隊

昭和20年7月羅津方面特別根拠地隊を改編．終戦で廃止．

馬公方面特別根拠地隊

昭和18年4月馬公警備府を改編．終戦で廃止．

揚子江方面特別根拠地隊

昭和18年8月第1遣支艦隊を降格，改称．終戦で廃止．

海南島根拠地隊

昭和14年11月，第5艦隊第4根拠地隊を改編．第2遣支艦隊附属．16年4月南方進攻の基地として重視され警備府に昇格．